Согдийская область страдает от грунтовых вод. Из-за высокого уровня воды в Кайраккумском водохранилище, а также реке Сырдарья наносится ущерб пахотным землям и жилым домам в Бободжонгафуровском, Спитаменском, Джаборрасуловском районах и городах Худжанд и Канибадам.

К примеру, в джамоате Исфисор Бободжонгафуровского района грунтовая вода поднялась до уровня пола в жилых домах. В зоне подтопления находится и сельская школа №6. Школьная спортивная площадка затоплена водой, чуть далее образовалось небольшое озеро, которое уже успело зарасти водорослями. Здесь же кладбище под названием «Тупахур». Десятки могил, в том числе старых, дали просадку или попросту провалились. По словам местных жителей, такая ситуация сложилась здесь еще летом.

В Худжанде из-за высокого уровня воды в реке Сырдарья страдают дома жителей левобережной части города, проживающих в непосредственной близости от реки. Стены домов постоянно находятся во влажном состоянии, что вызывает их осыпание и засоление.

В Канибадаме жители нескольких джамоатов не могут разбивать сады в своих дворах, потому что они сохнут от грунтовых вод Кайраккумского водохранилища.

Картина подтопления рисовых полей наблюдается практически сразу после выезда из Худжанда по дороге Чанак–Душанбе. Грунтовые воды здесь поднялись настолько, что дошли почти до дороги, хотя до Сырдарьи отсюда не менее километра. Причем затоплены даже насосные станции, которые должны заниматься откачкой воды с полей.

Комментируя ситуацию, директор ГЭС «Кайраккум» Файзулло Авезов говорит, что в настоящее время приточность реки Сырдарья составляет 1-1,1 тыс. кубометров в секунду. В 2010 году она составляла 750–800 кубометров воды в секунду, что на 25–30% меньше, чем сейчас. Это связано с обильными осадками в горах.

«Однако мы делаем все возможное, чтобы объем воды в Кайраккумском водохранилище не превышал допустимый уровень. Для этого мы сбрасываем часть воды вхолостую, мимо турбин. Поэтому проблема грунтовых вод не связана с уровнем воды в водохранилище. Есть еще такие факторы, как выход из строя дренажных систем в районах, поломка или бездействие откачивающих насосов», - отметил Авезов.

Он также заметил, что ГЭС работает на полную мощность, вырабатывая 2,8 млн. киловатт-часов электроэнергии в сутки.